Wissenschaftler / Bioinformatiker (m/w/d)

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Jena

Vergütung nach TV-L

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Befristet*

40 Wochenstunden

Institut für Humangenetik

Forschung / Wissenschaft

Das sind Ihre Aufgaben:

• Aufbau, Weiterentwicklung und Pflege von Software und Analysepipelines zur Verarbeitung von Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Daten
• Entwicklung, Implementierung und Validierung bioinformatischer Workflows für wissenschaftliche und diagnostische Fragestellungen
• Automatisierung von Analyse-, Test- und Deployment-Prozessen sowie Weiterentwicklung der hierfür eingesetzten Entwicklungs- und Betriebsumgebungen
• Einsatz und Integration moderner DevOps-Strukturen, insbesondere für Versionsverwaltung, CI/CD, Containerisierung, Monitoring und automatisierte Bereitstellung von Anwendungen
• Administration und technische Betreuung Linux-basierter Serversysteme und bioinformatischer Anwendungen
• Verantwortung für Hard- und Software diagnostikrelevanter Systeme und Geräte in enger Zusammenarbeit mit der klinikinternen IT-Abteilung
• Analyse, Verarbeitung und Interpretation großer genomischer Datensätze im wissenschaftlichen und diagnostischen Kontext
• Dokumentation von Software, Analyseworkflows und technischen Prozessen unter Berücksichtigung der Anforderungen eines diagnostischen Umfelds

Darauf kommt es uns an:

• erfolgreich abgeschlossenes Studium der Bioinformatik, Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• sicherer und selbstständiger Umgang mit mindestens einer Programmiersprache; vorhandener Code soll unabhängig von KI-gestützten Werkzeugen entwickelt, verstanden, geprüft und weiterentwickelt werden können
• gute Kenntnisse im Umgang mit Linux-Systemen und der Kommandozeile sowie Erfahrung mit Bash/Shell-Skripten
• sicherer Umgang mit Git und Erfahrung mit einer Plattform zur kollaborativen Softwareentwicklung, z. B. GitLab, GitHub oder Bitbucket
• Verständnis moderner Softwareentwicklungs- und DevOps-Prozesse sowie Erfahrung in mehreren der folgenden Bereiche:
• CI/CD: automatisiertes Bauen, Testen und Bereitstellen von Software, z. B. mit GitLab CI/CD, GitHub Actions oder Jenkins
• Containerisierung: insbesondere Podman bzw. vergleichbare Containertechnologien
• Automatisierung: Automatisierung wiederkehrender Analyse-, Test-, Deployment- und Administrationsaufgaben
• Linux- und Serveradministration
• Monitoring und Logging: z. B. Prometheus, Grafana oder ELK
• Netzwerkgrundlagen: insbesondere DNS, HTTP/HTTPS, TCP/IP und Reverse Proxies
• Cloud-Technologien: z. B. AWS, Microsoft Azure oder Google Cloud
• Infrastructure as Code: z. B. Terraform oder Ansible
• Security/DevSecOps: Berücksichtigung von Sicherheitsaspekten innerhalb von Entwicklungs-, Test- und Deployment-Prozessen
• grundlegendes Verständnis molekulargenetischer Zusammenhänge bzw. die Bereitschaft, sich intensiv in diese einzuarbeiten
• gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• ausgeprägte Zuverlässigkeit und Genauigkeit sowie ein hohes Verantwortungsbewusstsein
• selbstständige, strukturierte und lösungsorientierte Arbeitsweise sowie gute kommunikative Fähigkeiten

Nicht alle der folgenden Kenntnisse werden vorausgesetzt. Erfahrungen in einzelnen Bereichen sind jedoch von Vorteil:

• Kenntnisse in der objektorientierten Softwareentwicklung
• Erfahrung mit weiteren Programmiersprachen und Skriptsprachen, z. B. Java, Python, R, PHP oder Perl
• Kenntnisse in Webtechnologien und Frameworks, z. B. Laravel/PHP, React, jQuery oder in einem vergleichbaren bzw. moderneren Technologie-Stack
• Erfahrung mit Workflow-Sprachen und Workflow-Management-Systemen, z. B. WDL
• Kenntnisse relationaler Datenbanksysteme, insbesondere MySQL/MariaDB
• Erfahrung im Umgang mit großen Datenmengen und entsprechenden Speicher- und Datenmanagementkonzepten
• Kenntnisse in paralleler bzw. verteilter Datenverarbeitung
• Erfahrung mit NGS-Analysepipelines und gängigen bioinformatischen Werkzeugen
• Erfahrung im molekulargenetischen bzw. humangenetischen Diagnostikumfeld

Wir bieten Ihnen noch mehr:

• Teamvielfalt mit gemeinsamer Haltung: Zusammenarbeit mit unterschiedlichsten Berufsgruppen und Persönlichkeiten – verbunden durch Verantwortungsbewusstsein, Pragmatismus und den gemeinsamen Auftrag, die Versorgung am UKJ zu unterstützen.
• Begegnung & Austausch im Alltag: Mehrere Cafeterien als soziale Treffpunkte für kurze Pausen, Austausch über Berufsgrenzen hinweg und kleine Auszeiten im Arbeitsalltag.
• Stabilität mit Sinn: Öffentlicher Arbeitgeber mit verlässlichen Strukturen, transparenten Rahmenbedingungen und dem guten Gefühl, Teil von etwas gesellschaftlich Relevantem zu sein.
• Gesundheit & Wohlbefinden: Betriebliches Gesundheitsmanagement, Präventions- und Sportangebote sowie regelmäßige Team Events

Kennziffer: 298/2026

* Befristet für einen Zeitraum von 2 Jahren mit Option auf Verlängerung.

Unabhängig von Herkunft, Alter, Geschlecht oder Behinderung – bei uns am Universitätsklinikum Jena sind Sie willkommen.

Darauf können Sie zählen:

zukunftssicherer Arbeitsplatz

kostenlose Fortbildungen

info inklusive Freistellungen

Betriebliche Altersvorsorge

Vermögenswirksame Leistungen

30 Urlaubstage

Produktvergünstigungen

info exklusive Mitarbeiterrabatte bei namhaften Marken

Gesundheitsprogramme

info kostenlose Präventionskurse, Gesundheitssprechstunde, Stressmanagement, psychologische Mitarbeiterberatungen

Sportprogramme

Familienbüro

info flexible Arbeitszeitmodelle, Kinderbetreuung etc.

betrieblich unterstützte Kita

info von 06-20 Uhr

restaurant

Kantine

Hilfe bei der Wohnungssuche

cake

Unternehmensevents

Ihr Ansprechpartner:

Leon Greyling

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Personalbetreuung

Personalmanagement

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03641 9-320637

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Lebenslauf

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