Bioinformatiker*in (m/w/d) – Biobank/NUM

• Start: nächstmöglich
• Vergütung: Vergütung nach E13 TV-L
• Umfang: Vollzeit
• Befristung: befristet (mit Verlängerungsoption) (bis zum 31.12.2028)
• Arbeitsort: Bielefeld

Die Universität Bielefeld etabliert im Zuge des Aufbaus der Medizinischen Fakultät OWL eine Forschungsbiobank. Neben den lokalen Aufgaben am Standort ist die Forschungsbiobank Teil verschiedener Projekte im Netzwerk Universitätsmedizin (NUM). Im NUM arbeiten Wissenschaftler*innen aller 37 universitätsmedizinischen Standorte Deutschlands auf der Basis einer übergreifenden Infrastruktur Plattform in interdisziplinären Forschungsprojekten zusammen. Im Rahmen der Biobank-Plattform für Deutschland und anderer Biobank-assoziierter Projekte im NUM suchen wir eine*n Bioinformatiker*in, der uns bei der Konzeptionierung und dem Aufbau einer OMICs-Datenplattform für das NUM unterstützt.

Die Ausschreibung erfolgt vorbehaltlich der Mittelbewilligung.

Eine Einstellung von bereits an der Universität Bielefeld beschäftigtem Personal ist durch die Vorgaben des Drittmittelgebers ausgeschlossen. Entsprechend können interne Bewerbungen leider nicht berücksichtigt werden.

Ihre Aufgaben

• Mitarbeit bei der Anforderungsanalyse und Konzeptionierung einer OMICs-Datenplattform für das NUM
• Koordination und Unterstützung bei der Implementierung der Plattform durch ein Konsortium aus Industrie- und akademischen Partner*innen
• Beteiligung an Arbeitsgruppen zur Definition von Metadatenstandards für OMICs-Daten sowie zur Erarbeitung von Umsetzungskonzepten für FAIR Data Management
• Mitarbeit bei der Erstellung von Datenschutz- und Sicherheitskonzepten für die NUM-OMICs Plattform
• Mitarbeit bei der Definition von API- und Schnittstellenkonzepten sowie von Mapping- und ETL-Prozessen für Analysedaten aus Bioproben
• Mitarbeit bei der Erstellung von Workflows für Laborinformationsmanagementsysteme
• kontinuierliche Kommunikation mit weiteren beteiligten Standorten und Partner*innen

Ihr Profil

• erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) in den Bereichen Bioinformatik, Medizininformatik oder Public Health mit Datenfokus
• alternativ: abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder gleichwertig) der Naturwissenschaften mit Zusatzqualifikation/Kenntnissen im Bereich Informatik/Datenwissenschaften
• Kenntnisse im Datenmanagement und der FAIR-Prinzipien
• grundlegendes Verständnis für OMICs-Daten sowie Kenntnisse folgender Technologien/Datenarten:
  • Genomik
  • Transkriptomik
  • Microarray-basierte OMICs-Daten
• Verständnis der Architektur von IT-Plattformen und von Schnittstellenkonzepten
• fundierte IT-Kenntnisse, insbesondere
  • Workflow-Management-Systeme (z. B. Nextflow, Snakemake)
  • Containerisierung (Docker, Singularity)
  • Cloud- & HPC-Umgebungen
  • ETL-/ELT-Prozesse und Datenpipelines
• sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Freude an Teamarbeit, Kommunikationsfähigkeit sowie Fähigkeit zum eigenständigen Arbeiten
• hohe Eigenmotivation, Sorgfalt und Zuverlässigkeit
• Gender- und Diversitykompetenz
• Erfahrung/Kenntnisse in:
  • Metadatenstandards von OMICs Daten
  • Ethik- und Datenschutzthemen
  • Java (wünschenswert Erfahrung mit Webframework VAADIN)
  • Datenbanken (Relationale Datenbanken / NoSQL)
  • Linux
  • Versionskontrolle (z. B. Git) und Kollaboratives Arbeiten: GitHub, GitLabPython
  • R (wünschenswert Erfahrung mit: ggplot2, heatmap2, DESeq2)
  • Laborinformationsmanagementsystemen (LIMS)

Wir bieten

• interne und externe Fortbildungsmöglichkeiten
• Vielzahl von Gesundheits-, Beratungs- und Präventionsangeboten
• Vereinbarkeit von Familie und Beruf
• fester Dienstort (Bielefeld) mit wenig Reisetätigkeit
• FlexWork: grundsätzliche Möglichkeit zum mobilen Arbeiten (Umfang abhängig vom konkreten Aufgabenfeld)
• gute Verkehrsanbindungbetriebliche Zusatzversorgung (VBL)
• kollegiale Zusammenarbeitoffene und angenehme Arbeitsatmosphäre
• spannende und abwechslungsreiche Tätigkeitenmodernes Arbeitsumfeld mit digitalen Prozessen

Dann freuen wir uns über Ihre aussagekräftige Bewerbung. Bitte nutzen Sie hierzu vorzugsweise unser Online-Formular, welches Sie über den unten stehenden Button „JETZT BEWERBEN“ erreichen.